大部門內的縱向改革是整個改革的重點和核心　　
　　將以決策和執行分開為基礎的縱向改革視為重點和核心，是因為它承載著大部門制的主要體制優勢。其一，十八大報告要求的政府部門“職能科學”需要在決策與執行分開的基礎上完整實現。職能科學應該包括三層含義：一是整個政府職能的配置科學合理。凡市場、社會能較好解決的問題政府不必介入或替代，而需要政府履行管理服務使命的職能又能夠在各部門間清晰劃分、合理配置，避免交叉重疊或空白情況。各部門內部也需要進行職能的橫向合理配置，清除推諉扯皮的空間。二是需要進行職能的縱向流程性科學配置，使決策科學化、民主化，執行專業化、高效化，各管理環節職責分明，運轉順暢。而決策與執行不分的職能體系就很難做到這一點。三是以決策和執行分開實現職能的有機統一，因為隻有在決策環節才可能做到多種相關職能通盤考慮、內在整合。政府的戰略追求能夠將各種長期被部門化分割的細分決策職能統合起來，以整體性思維形成最現實合理的決策。而執行層面追求的是專業分工基礎之上的細致高效。兩者准確對接以全面實現職能有機統一。
　　其二，十八大報告要求的政府部門“結構優化”需要在決策與執行分開的基礎上落實。結構優化包括兩層意義：一是整個政府的組織結構框架符合國情、設計合理，並根據時代變化不斷調整，滿足效能和效率的要求﹔二是部門的劃分和部門內部的組織結構科學合理。從計劃經濟時代細分到產業內部的專業經濟管理部門演變到適應市場經濟初期的較大行業管理部門，再到與較完善市場經濟體制相適應的、實行大系統管理的大部門體制，這個結構優化過程清晰地顯示了改革的方向性。但結構優化到達大部門的內部時，就必須推行決策機構與執行機構的分開。從發達國家和地區的情況看，在大部門制中決策機構是一個規模相對較小的高度綜合性機構，其與執行機構的工作性質完全不同。執行機構則不僅在規模上遠遠超過決策機構，而且按照執行任務的區別高度分化，數量眾多並且種類不同，相互之間差別可以很大，便於將政府公共服務的提供和實施兩者分開，保障后者的靈活性、專業化和高效率。如果不實行決策和執行在機構上的分開，“結構優化”就不能實現。所以，十七大報告曾經把“決策權、執行權、監督權既相互制約又相互協調”定性為一種“權力結構和運行機制”。隻有建立這樣的組織結構，才能夠形成相應的運行機制，達到“結構優化”的要求。
　　其三，十八大報告要求的政府部門“廉潔高效”需要決策與執行分開的機制促進實現。在具備多重專業監督機構、督查機構和黨紀國法政紀等的情況下，為什麼政府部門的腐敗現象依然非常嚴重、效能狀況依然不佳？一個重要原因是部門內常態化的相互監督幾乎不能發揮作用。從原理上說，監督能量的大小和自主權成正比。在所有下屬皆絕對聽命於一把手的情況下，上下左右之間不僅不能真正監督，而且更傾向於相互掩飾配合。所以，大部門制的制度設計就是要通過實行決策與執行的分開，保障執行機構擁有相當程度的自主權，使其與決策機構之間形成有效的相互監督之勢，否則大部門就不僅形不成制度優勢，而且無異於制造一種更加難以監督的超級怪獸，失去其應有價值。