大部門制改革需要縱橫並舉、整體推進
　　十八大以后，大部門制改革進入第二波高潮。不過，從改革的方案和工作部署來看，將專業化小型部門橫向歸並形成綜合性大部門仍然是其主要內容。整個改革還處在第一個步驟之中，完成的是塑造機構外形的任務，還是一次單向度推進式改革。這個步驟的難度系數和價值都並非最高，它與2003年之前的多次機構精簡差別不明顯。合並而成的大部門真正要成為大部門制，更重要的步驟是進行內部縱向改革，即決策與執行的分開，並在此基礎之上實現決策、執行與監督的相互制約與相互協調。由於這種縱向改革區別於單純機構數量、規模等的外部性變動，觸動的是更深刻的機構運作機制、權力配置、職能轉變與職能履行方式等的巨大變化，真正具有革命性，所以其難度系數更高、價值更大，是一項更關鍵的縱橫並舉式整體推進的改革，需要下決心大膽推進試驗。
　　換言之，大型部門的合並完成並不等於大部門制建成。更重要的任務是讓這樣的大部門能夠具備新內容並體現出應有的功能價值，實現整個部門體系的深度整合。深度整合需要做到內容和形式的高度統一。大部門制同所有事物一樣是形式和內容的統一。它在形式上表現為部門規模大、綜合性強，內部組織結構復雜程度較高。隻有具備這樣的形式才能夠在其中形成區別於小型專業化部門的特有體制內容，包括有機統一並縱向分化的職能體系、既相互制約又相互協調的運作機制、更高的公共屬性、更科學的決策、更高效的執行以及內生性的監督動能等。而這些內容的生成都有賴於縱向決策與執行的分開。